Desde 2014, la entonces Procuraduría General de la República señaló que Pantoja Miranda era uno de los personajes clave en el caso Ayotzinapa, porque colaboró en el traslado de los estudiantes al basurero de Cocula, donde habrían sido calcinados.
Raquel Duarte Cedillo, juez segundo de Distrito en Materia Penal del Toluca, le dictó la libertad por falta de elementos por el delito de desaparición forzada de personas, pero le decretó formal prisión por delincuencia organizada.
El fallo implica que "El Pajarraco" permanecerá en el penal del Altiplano durante el tiempo en que se tramite su proceso penal, aunque sólo por uno de los delitos imputados.
"Del contenido de las declaraciones de los testigos protegidos, de los estudiantes sobrevivientes y de los ofendidos, ninguno señala a Juan Miguel Pantoja Miranda, alias "El Pajarraco" o "El Paja" o "El Wasa" o "El Wasaco" o "El Soldado" o "El Pajarillo", como participante en la desaparición forzada de los estudiantes de la escuela Rural Normal Raúl Isidro Burgos, en Ayotzinapa, estado de Guerrero, por el contrario, le atribuyen otro tipo de conductas delictivas (delincuencia organizada)", consideró la juez.
"Por lo que al no tratarse de indicios consistentes, pues los mismos son imprecisos, en la especie no se satisfacen los requerimientos mínimos que exige el artículo 19 de la Constitución para ordenar un auto de formal prisión en contra del indiciado; por tanto, con base en las razones y los fundamentos expuestos, procede decretar auto de libertad por falta de elementos para procesar con reservas de ley".
Testigos protegidos con los nombres clave "Juan", "Carla" y "Samuel", entre otros, señalan a Pantoja Miranda como partícipe de actividades delictivas, pero la juzgadora estimó que no lo involucran en el crimen de los normalistas.
También desestima la declaración que el acusado rindió el 30 de agosto de 2018 ante la Oficina Especial para el Caso Iguala de la Comisión Nacional de Derechos Humanos, en la cual admite haber participado en los hechos ocurridos la noche del 26 de septiembre de 2014 en Iguala.
Pero en esa diligencia precisa que su participación fue a partir de Metlapa y que no disparó a ninguno de los estudiantes, pues en aquella época todavía no usaba armas de fuego porque su trabajo era reportar por teléfono a sus jefes los movimientos de autoridades o gente extraña en el pueblo de Atlixtac.
La juez Duarte dijo que ninguna de estas pruebas acreditan a "El Pajarraco" la desaparición y que para procesarlo por ese delito, la Fiscalía de la República debe demostrar que privó de la libertad a al menos una persona y se abstuvo o negó reconocer la existencia o secuestro de la víctima, o, incluso, a proporcionar información sobre su suerte, destino o paradero.
Sobre la declaración de Miguel Ángel Landa Bahena, "El Duvalín", quien señala a "El Pajarraco" de haber tenido participación en el crimen de los estudiantes, la juez dijo que esa prueba no la puede valorar como testimonial sino sólo como un documento, pues ese testimonio fue agregado a la averiguación previa en fotocopia y no fue rendido dentro de la indagatoria, una formalidad que le confiere valor legal.